Historia
La cronología de Shadow Moses, el origen de Les Enfants Terribles, la amenaza del virus FOXDIE y el legado de Big Boss.
El Legado de Big Boss y Les Enfants Terribles (1972-1999)
En 1972, el gobierno de los Estados Unidos puso en marcha el proyecto secreto de clonación Les Enfants Terribles a partir del material genético del mejor soldado del siglo XX: Big Boss. El proyecto dio origen a dos clones gemelos: Solid Snake (portador de los genes recesivos) y Liquid Snake (portador de los genes dominantes), además de un tercer clon perfecto mantenido en las sombras: George Sears (Solidus Snake).
Años más tarde, Solid Snake ingresó en la unidad de élite FOXHOUND. Durante las crisis de Outer Heaven (1995) y Zanzíbar Land (1999), Snake se vio obligado a combatir y derrotar a su propio comandante y padre genético, Big Boss, así como a su mejor amigo y camarada de armas, Frank Jaeger (Gray Fox). Traumatizado por los horrores de la guerra, Snake se retiró a la soledad de Twin Lakes en Alaska como musher de trineos.
El Alzamiento de FOXHOUND en Shadow Moses (2005)
Febrero de 2005. Durante un ejercicio militar de prueba en la remota isla de Shadow Moses (Alaska), la unidad especial FOXHOUND y el regimiento de Soldados Genómicos —militares modificados con terapia genética de Big Boss— inician una rebelión armada.
Liderados por Liquid Snake y respaldados por especialistas de combate como Revolver Ocelot, Psycho Mantis, Sniper Wolf, Vulcan Raven y Decoy Octopus, toman como rehenes al jefe de DARPA, Donald Anderson, y al presidente de ArmsTech, Kenneth Baker, exigiendo los restos mortales de Big Boss y mil millones de dólares bajo amenaza de un ataque nuclear.
La Infiltración de Solid Snake y la Conspiración FOXDIE
A petición del gobierno y bajo el mando del Coronel Roy Campbell, Solid Snake es obligado a salir de su retiro para una misión de infiltración en solitario. Durante su incursión, Snake une fuerzas con la novata Meryl Silverburgh y con el ingeniero jefe de ArmsTech, el Dr. Hal Emmerich (Otacon).
A medida que avanza por las instalaciones, Snake descubre que tanto Anderson como Baker mueren misteriosamente de aparentes ataques cardíacos súbitos tras entrar en contacto con él. Snake descubre que fue infectado sin su consentimiento por la Dra. Naomi Hunter con el virus genético selectivo FOXDIE, programado por el Pentágono para eliminar silenciosamente a los rehenes y terroristas sin dejar testigos.
Metal Gear REX y el Sacrificio de Gray Fox
Tras superar en combates a muerte a todos los miembros de FOXHOUND, Snake llega a las profundidades de la base, donde se custodia Metal Gear REX, un tanque bípedo acorazado diseñado por Otacon capaz de disparar ojivas nucleares indetectables por radar mediante un cañón de riel.
Manipulado mediante la llave térmica PAL por Liquid Snake y un impostor de Decoy Octopus, Snake activa accidentalmente el REX. Durante el feroz combate contra la máquina gigante, reaparece Frank Jaeger transformado en un Cyborg Ninja cibernético. En un acto heroico de redención, Gray Fox se sacrifica destruyendo el sensor radomo del REX antes de ser aplastado por Liquid, otorgándole a Snake la oportunidad decisiva de destruir la cabina del mecha.
El Duelo de Gemelos y el Destino de Shadow Moses
Tras destruir a Metal Gear REX, Snake y Liquid se enfrentan en un combate cuerpo a cuerpo final en la cúspide de la máquina mientras el Pentágono prepara un bombardeo aéreo para arrasar la isla. Tras escapar en jeep a través del túnel de desagüe, Liquid sucumbe finalmente al virus FOXDIE en el último segundo.
Snake y su acompañante (Meryl u Otacon) escapan en una moto de nieve hacia la tundra ártica. Mientras tanto, en una conversación telefónica secreta tras los créditos, se revela que Revolver Ocelot es en realidad un agente triple al servicio del Presidente de los Estados Unidos (Solidus Snake), habiendo asegurado los planos del REX para el mercado negro internacional.